Es la estructura que muestra el suelo bajo el microscopio. Está relacionada con el tamaño, forma y disposición de las partículas primarias y los huecos en materiales agregados y no agregados y el tamaño, forma y disposición de cualquier agregado presente.

Las más frecuentes son:

Microestructuras agregadas

Migajosa. Material agregado con forma migajosa.

Granular. Con agregados granulares.

En bloques subangulares. Con agregados en bloques subangulares.

En bloques angulares. Con agregados en bloques angulares.

Prismática. En agregados prismáticos. Por el tamaño de los agregados muy difícilmente observable en las láminas delgadas.

Laminar. Con agregados laminares.

Microestructuras compuestas

Compleja. Constituida por zonas heterogéneas, con más de un tipo de estructura.

Microestructuras de granos de arena

De granos simples. Casi enteramente constituida por granos de arena., sin, o con muy poco, material fino entre los granos. Granos sueltos o tocándose parcialmente.

De granos puenteados. Granos de arena unidos por puentes de material fino.

De granos peliculares. Granos de arena recubiertos de una película de material fino.

De microagregados intergranulares. Entre los granos de arena hay microagregados de material fino.

Microestructuras ni agregadas ni arenosas

En cavidades. Sin separación de agregados. Masa basal rota por cavidades pero no interconectadas, con algunos canales y cámaras.

Fracturada (agrietada). Sin agregados totalmente separados, material denso con sólo algunas grietas (y canales).

Masiva. Sin agregados separados, material muy denso, sin apenas poros.